# Acest exemplu scoate în evidență modul în care se comportă modificatorul g (global)
# atunci când este aplicată o cheie REGEX complexă.
# Dacă analizăm rezultatul, pare că modificatorul g nu funcționează corect
# pentru că, în această situație, se identifică mereu accgtgtttaccgttt, deși
# ar trebui să poată identifica și accgtttcccacgttt la poziția 9. Însă, trebuie avut în vedere că,
# g continuă întotdeauna de la poziția de la capătul șirului care a făcut match, adică accgtgtttaccgttt.
# Căutarea poate să continue doar de aici și niciodată de la o poziție situată în interiorul șirului
# care a făcut match, din această cauză nu poate identifica situația accgtttcccacgttt.

#=pod
$secv = 'accgtgtttaccgtttcccacgtttac';
print "\nÎn cazul secvenței: $secv\n";
print 'Aplicarea expresiei REGEX: /(a.c)(.+?)(t.t)(.+?)(t.t)/g',"\n";
print "Conduce la următorul rezultat:\n";
while ($secv =~ /(a.c)(.+?)(t.t)(.+?)(t.t)/g){
	print 'Variabila $& s-a potrivit cu: ',"$&\n";
	print 'Variabila $` s-a potrivit cu: ',"$`\n";
	print 'Variabila $\' s-a potrivit cu: ',"$'\n";
	print 'Variabilele $1, $2, $3, $4, $5, ',"s-au potrivit cu: $1 , $2 , $3, $4, $5\n";
}
#=cut

# Pentru a rezolva această problemă este necesar un algoritm specific care să determine
# REGEX-ul să înceapă mereu de la o poziție controlată. Pentru a parcurge șirul în mod eficient,
# în cazul în care este foarte mare, noua poziție trebuie să depindă de o anume poziție
# anterior identificată. În cazul de față, o soluție ar fi utilizarea variabilei @-. În cazul
# grupurilor această variabilă array se inițializează cu mai multe valori.
# La indexul $-[0] întodeauna va fi păstrată poziția de început a întregului match.
# La următorii indecși $-[1], $-[2] ... variabila primește, în funcție de situație,
# poziția de început a match-urilor pe care le-a făcut fiecare grup. În cazul de față,
# poziția grupului (a.c) este definitorie. Funcția pos() poate fi exploatată pentru a
# determina REGEX-ul să pornească de la o anumită poziție. În acest caz particular este poziția la
# care s-a identificat (a.c) + 3. Astfel se crează posibilitatea de a-l găsi din nou
# chiar dacă a făcut parte integrantă din precedentul match. Valoarea 3 adăugată la poziția
# inițială determină un salt la o nouă poziție validă în cazul unei secvențe nucleotidice.
# Este evident că căutarea nu poate să continue din interiorul unui codon.
# O altă soluție ar fi exploatarea directă a valorii stocate în variabila $+[1].
# Aceasta reprezintă sfârșitul grupului. Dar și în acest caz trebuie avut în vedere faptul că
# mecanismul funcționează doar dacă grupul este întotdeauna format din 3 caractere (codon).

$secv = 'accgtgtttaccgtttcccacgtttac';
$regex = '(a.c)(.+?)(t.t)(.+?)(t.t)';
$pozitie;
$lungime;
$indexmax;
$secvinceput;
$secvmatch;
$secvsfarsit;
print "\n\n";
print "Dacă se consideră: accgtgttttaccgtttcccacgttt\n";
$lungime = length($secv);
$indexmax = $lungime-1;
print "Această secvență are $lungime de caractere.\n";
print "Indexul la care se afla ultimul caracter este: $indexmax\n\n";
while ($secv =~ /(a.c)(.+?)(t.t)(.+?)(t.t)/g){
	$secvinceput = substr($secv, 0, $-[0]);
    $secvmatch = substr($secv, $-[0], $+[0]-$-[0]);
    $secvsfarsit = substr($secv, $+[0]);
	print "\t",'Variabila $& s-a potrivit cu: ',"$&\n";
	print "\t",'Rezultat similar cu substr($secv, $-[0], $+[0]-$-[0]), ',"$secvmatch\n";
	
	print "\t",'Variabila $` s-a potrivit cu: ',"$`\n";
	print "\t",'Rezultat similar cu substr($secv, 0, $-[0]), ',"$secvinceput\n";
		
	print "\t",'Variabila $\' s-a potrivit cu: ',"$'\n";
	print "\t",'Rezultat similar cu substr($secv, $+[0]), ',"$secvsfarsit\n\n";
	
	print "Pozitia de inceput a intregului match: $-[0]\n";
	print "Pozitia de sfarsit a intregului match: $+[0]\n";
	print 'Variabilele $1, $2, $3, $4, $5, ',"s-au potrivit cu: $1 , $2 , $3, $4, $5\n";
	print "Pozitia de inceput al grupurilor: $-[1] , $-[2] , $-[3] , $-[4] , $-[5]\n";
	print "Pozitia de sfarsit al grupurilor: $+[1] , $+[2] , $+[3] , $+[4] , $+[5]\n";
	$pozitie = $-[1] + 3;
	print "Cautarea va continua fortat de la pozitia: $pozitie\n\n";
	pos($secv) = $pozitie;
}